紧接前作《刺客信条IV：黑旗》 ，跨国制药公司Abstergo（现代圣殿骑士团）旗下部门Abstergo Entertainment 开发了名为“Helix”之云软件，让使用者能不需要借助基因记忆追溯机器“Animus”而能直接进入前人之记忆。
作为一名Helix 使用者之一的玩家进入圣殿骑士团最后一任大团长兼“圣者”（Sage）雅克·德·莫莱（Jaques de Molay）的一段记忆。1307年，刺客组织袭击圣殿骑士团位于法国圣殿塔的总部，莫莱托部下到地下密室藏好其管有之人类以前“第一文明”（First Civilization）遗物“伊甸之剑”（Sword of Eden）和一部法典后被捕和处死。此时现代刺客组织接触玩家，表示Abstergo 欲重组第一文明基因组从而实行一项目的不明的“凤凰计划”（Phoenix Project），因此侵占了玩家神经细胞搜索基因记忆资料，寻找古今拥有大量第一文明成员基因的圣者。为阻止Abstergo ，现代刺客希望玩家能加入组织并抢先进入活跃于18世纪末法国大革命时期、曾接触一名圣者之刺客亚诺·维克特·多里安（Arno Victor Dorian）的记忆。
1776年12月27日 八岁之亚诺跟随刺客父亲查尔斯·多里安（Charles Dorian）前往凡尔赛宫，在等待父亲回来时初遇法国圣殿骑士团大团长弗朗索瓦·德拉瑟尔（Fran?ois de la Serre）的独生女艾莉丝·德拉瑟尔（élise de la Serre）。二人玩耍期间查尔斯被圣殿骑士谢伊·派崔克·寇马可（Shay Patrick Cormac）刺杀（详看《刺客信条：叛变》），弗朗索瓦基于对查尔斯的敬重而把亚诺收为义子加以养育。
玩家加入了组织。
1789年 常惹上麻烦的亚诺与艾莉丝成为恋人。5月5日，德拉瑟尔前往凡尔赛宫出席为艾莉丝举行的宴会，一名送信人未能把一重要信件及时交给德拉瑟尔，亚诺请缨送信并但因被仇家袭击而逃回德拉瑟尔宅第，把信件塞进德拉瑟尔办公室地板后潜进皇宫与艾莉丝会面，离开时目击德拉瑟尔被二人杀害并被诬陷为凶手，随即被捕带至巴士底监狱。亚诺于狱中认识了父亲的挚友兼刺客大师皮尔·贝雷克（Pierre Bellec）从而了解父亲真正身份，二人于两个月后之攻占巴士底狱事件中逃出监狱。及后亚诺找到了艾莉丝但被要求离开，两人关系破裂；艾莉丝指出该信件本可警告德拉瑟尔圣殿骑士团内有人密谋把他杀害但最终没有被收到。深感内疚的亚诺遂投靠刺客组织，为赎罪宣誓成为刺客。
玩家被Abstergo发现，逃到了1898年的巴黎。
1791年 亚诺分别刺杀了杀害德拉瑟尔的两名凶手，其间认识了萨德侯爵（Marquis de Sade）及救出被新任圣殿骑士团大团长劫持的银匠弗朗索瓦·汤马斯·杰曼（Fran?ois Thomas Germain）。亚诺在刺杀了大团长后始发现他是对德拉瑟尔发出信件以作警告之人；杰曼则是下达杀害命令的人亦是刺客组织提及的圣者。亚诺为保护艾莉丝而把她带至刺客组织基地请求协助，有意与圣殿骑士团求和的刺客组织首领奥诺雷·米拉波（Honoré Mirabeau）认为提供协助将在未来使圣殿骑士团欠下巨大人情，但深信双方无法共存之贝雷克认为此乃通敌行为而下毒杀害了米拉波，亚诺拒绝与他联手后和他进行战斗并把他杀死。
1792年8月10日 巴黎公社（Commune de Paris）攻占杜乐丽宫，亚诺奉命潜进杜乐丽宫销毁米拉波与路易十六（Louis XVI）之间之密件，于国王房间首遇在搜索第一文明遗物“伊甸碎片”（Piece of Eden）的拿破仑·波拿巴（Napoleon Bonaparte）。同时杰曼欲引发对国王的革命，因此指派了部下分别策动九月大屠杀、扣押粮食以营造法国贵族无视平民困境的景象、以及投票支持处决路易十六，亚诺与艾莉丝分别行动并刺杀了相关人士。
1793年1月21日 路易十六在协和广场被公开处决，亚诺为拯救被杰曼手下包围的艾莉丝而错失杀害杰曼的机会，刺客组织获悉此事后认为亚诺多次违抗命令擅自行动而把他驱逐。陷入低谷的亚诺回到德拉瑟尔宅第买醉数月，被艾莉丝告知巴黎于雅各宾专政中四分五裂才重新振作，于同年6月回到巴黎刺杀另一名圣殿骑士并得知雅各宾派首领马克西米连·罗伯斯庇尔（Maximilien de Robespierre）仍受杰曼之命拖延革命。
1794年6月 亚诺与艾莉丝于战神广场（Champ-de-Mars）设计使罗伯斯庇尔名誉受损，并赶及在后者被国民公会拘捕前使他供出杰曼所在地。二人翌日前往圣殿塔刺杀杰曼，取得“伊甸之剑”的杰曼在地下密室与二人展开战斗，艾莉丝单独与杰曼交锋期间宝剑力量被激发引起爆炸，导致艾莉丝被杀而杰曼受重创，亚诺随即将之刺杀并把艾莉丝尸首带走葬在德拉瑟尔家族墓园。
1808年 管有伊甸之剑并晋升为刺客大师的的亚诺与成为法国皇帝的拿破仑回到圣殿塔地下密室，把杰曼的遗骸藏在巴黎地下墓穴中。
